Concordo, não há como querermos uma democracia, seja ela qual for, se colocarmos requisitos estritos para o exercício dos direitos políticos (de votar e ser votado). É contrário à constituição e acabaria por elitizar o que já é elitizado, que é os congressistas e os demais portadores de cargos eminentemente políticos, como os vereadores, prefeitos, governadores e demais cargos. Se o concurso público fosse a solução da corrupção ou da má administração não teríamos tantos processos contra promotores, juízes e delegados que abusam de função ou são acusados de um crime ou de outro. Não é o concurso que irá fazer com que a máquina pública funcione adequadamente, muito pelo contrário, apenas criaria um monopólio da mesma.

A criminalização das condutas que vão além do Direito de protestar previsto na Constituição é correta, tendo em vista que realiza um controle social necessário.
Ao mesmo tempo em que o Estado deve dar a liberdade de protesto deve prover a segurança de que os protestantes, além de não serem prejudicados em seu protesto, também não prejudiquem terceiros.
Logo, é uma linha discricionária tênue para o Poder Público que deve analisar cada situação e processar aqueles que realmente praticaram algum delito e não aqueles que protestam de maneira legítima e democrática, senão estará realizando censura e realizará um domínio institucional do pensamento crítico.

Bom dia Dr., agradeço o comentário porque só ajuda a estudar mais sobre o tema e rever os conceitos expostos, desde sua fundamentação até sua exposição e agradeço também pelo debate.
1. A argumentação que expus no texto pode, também, ser aplicada no caso da discordância do magistrado acerca do arquivamento do inquérito. Vejo uma violação na imparcialidade do juízo quando o mesmo, mesmo o MP pedindo o arquivamento, não concede e pede continuidade, tendo em vista que o titular da ação penal é o MP, se ele não concorda com as informações do inquérito e entende que não cabe ação penal, o magistrado, pela imparcialidade, deve concordar. A inconstitucionalidade: vejo decorrente do devido processo legal, que garante um juiz imparcial, e a norma, ao menos como aparenta, não garante um juiz imparcial, mas um juiz que age de ofício mesmo discordando do MP.
2. A emendatio Libelli não seria inconstitucional pelo fato de que trata-se de regra para sentença e não de instrução probatória, até porque a instrução ocorreu e conseguiu provar os fatos que foram narrados, seria um positivismo exacerbado achar inscontitucional a emendatio libelli só porque o MP não apontou a correta definição jurídica, o magistrado deve ter uma margem de discricionariedade, senão ficaria difícil trabalhar, só concordando ou discordando das partes. Até porque, dentro da instrução penal, pode-se verificar outras condutas além daquela investigada no inquérito e perseguida para julgamento pelo MP. No entanto, acho que seria necessário, para que o Art. 383 e seus parágrafos (CPP) fossem completos e garantissem o direito de defesa, que tivesse uma disposição para que a defesa, antes da sentença, possa contrariar a emendatio, pois senão a sentença será de um tipo penal diferente daquele que a defesa se manifestou, cerceando a defesa com relação a este tipo penal.
3. De fato, após a produção penal as provas "pertencem" ao processo e ao juiz, mas na sentença, não vejo no inquérito como a prova pertencendo ao processo, visto que não houve uma ação penal ainda, apenas a investigação (acredito que entendi corretamente o que o Dr. disse).
Grande abraço Dr.!